A história da Quinta de S. Francisco começa com Jaime de Magalhães Lima, importante escritor, político e intelectual do final do século XIX e início do século XX, natural e residente em Aveiro. Em 1896 recebe a Quinta do Vale do Soão (em Eixo) como herança,
mas a grande admiração pelo pensamento de S. Francisco de Assis leva-o a rebatizá-la como Quinta de S. Francisco.
Mais do que uma simples mudança de nome, Jaime de Magalhães Lima, com grande espírito de inovação, transforma profundamente a Quinta de S. Francisco num espaço único onde a natureza e a espiritualidade convivem harmoniosamente e onde os eucaliptos terão um papel central. Neste espaço constrói uma casa inspirada nos princípios franciscanos e uma capela dedicada ao santo padroeiro da Quinta, ambas consideradas imóveis de interesse municipal.
Entre 1902 e 1906, planta cerca de 80 espécies de eucaliptos, tornando a Quinta num dos maiores arboretos de eucaliptos fora da Austrália. Este intelectual vai ainda mais longe, ao realizar inúmeras experiências sobre a aptidão, aplicação e rentabilidade económica das diferentes espécies plantadas. Jaime de Magalhães Lima manteve a sua paixão pela natureza e pelos eucaliptos até ao final da sua vida, tendo falecido no seu refúgio natural, em 1936.
O seu legado natural foi preservado pela filha e pelos netos até 1982, altura em que a Empresa de Celulose e Papel de Portugal, S.A. - Portucel (atualmente denominada por The Navigator Company) adquire a propriedade, com o objetivo de proteger o valioso património e instalar um centro de investigação científica.
Entre 1984 e 1987 são plantados novos arboretos de eucaliptos e gimnospérmicas, sob a direção do Eng.º Dantas Barreto, que enriqueceram ainda mais a herança de Jaime Magalhães Lima. Em 1996 entrou em funcionamento o RAIZ - Instituto de Investigação da Floresta e Papel desenvolvendo trabalho científico tanto na área tecnológica, como florestal.
Recentemente a Quinta de S. Francisco sofreu amplas obras de beneficiação, instalação de novos arboretos, abertura de novos percursos e construção de várias estruturas, que visam a melhoria da sua divulgação ao público.