A história da Quinta de S. Francisco começa com Jaime de Magalhães Lima (1959-1936), importante escritor, político e intelectual aveirense, do final do século XIX e início do século XX. Em 1896 recebe de herança paterna, a Quinta do Vale do Soão (em Eixo), mas a grande admiração pelo pensamento de S. Francisco de Assis leva-o a rebatizá-la como Quinta de S. Francisco.
Mais do que uma simples mudança de nome, Jaime de Magalhães Lima, com grande espírito de inovação, transforma profundamente a Quinta de S. Francisco num espaço único onde a natureza e a espiritualidade convivem harmoniosamente e onde os eucaliptos terão um papel muito importante. Neste espaço constrói em 1908, uma casa inspirada nos princípios franciscanos e uma capela dedicada ao santo padroeiro da Quinta.
Na primeira década do século XX, conclui a plantação de cerca de 89 espécies de eucaliptos, tornando a Quinta num dos maiores arboretos de eucaliptos fora da Austrália. Este intelectual vai ainda mais longe, ao realizar inúmeras experiências sobre a aptidão, aplicação e rentabilidade económica das diferentes espécies plantadas. Jaime de Magalhães Lima manteve a sua paixão pela natureza e pela floresta até ao final da sua vida, tendo falecido no seu refúgio natural, em 1936.
O seu legado natural foi preservado pelos filhos e netos até 1982, altura em que a Empresa de Celulose e Papel de Portugal, S.A. - Portucel (atualmente denominada por The Navigator Company) adquire a propriedade, com o objetivo de proteger o valioso património e instalar um centro de investigação científica (Centro de Investigação da Portucel).
Entre 1984 e 1987 são plantados novos arboretos de eucaliptos e coníferas, sob a direção do Eng.º Dantas Barreto, que enriqueceram ainda mais a herança de Jaime Magalhães Lima. Em 1996 entrou em funcionamento o RAIZ - Instituto de Investigação da Floresta e Papel desenvolvendo trabalho científico tanto na área florestal, como tecnológica.
Desde então o RAIZ tem garantido a conservação e a divulgação da Quinta de S. Francisco, tendo este espaço recebido recentemente amplas obras de beneficiação, instalação de novas espécies, restauração de habitats naturais, novos percursos e passadiços, que contribuem para a melhoria da sua visitação e divulgação à sociedade e em particular à comunidade escolar.